NGS受託解析
RNA-seq, scRNA-seq, de novo assembly, ChIP-seq, Cancer panel (SNV, CNV), Whole Genome Sequencing (WGS), Whole Exome Sequencing (WES) and etc.
実験のご相談から、ライブラリー作成、データ解析、解析結果の図表の作成まで、トータルでサポートいたします。
お手持ちのデータの解析のみの対応も可能です。（お問い合わせ）
価格は、シーケンスの設定により異なります。価格表
参考価格：RNA-seq、1サンプルあたり、4,5000円〜。
- シーケンサー：NovaSeq
- リード長：150 base pair (bp)
- シーケンス設定：paired-end
- リード量：40M reads
- 納品データ：raw データ納品 (fastq 形式)
- ライブラリー調整費込み
＊ RNA 抽出は別途費用が発生します。
データ解析：1サンプルあたり 80,000円〜。
（サンプル数により異なります。お問い合わせください。）
DNBSEQ によるシーケンス
セルイノベーターでは、自社内の DNBSEQ によるシーケンスサービスも提供しています。
一般的な RNA-seq 向けのシーケンス (6G 150b PE) では、
1サンプルあたり、 70,000 円（税抜）です。
また、多数のサンプルをまとめてご依頼される方向けに、
「レーン買い切りサービス」を提供しています。
1レーン (82.5 G 150b PE) あたり、 600,000 円（税抜）となります。
1レーンにつき最大 16 サンプルのシーケンスが可能です。
（その場合の1サンプルあたりの価格は、37,500 円（税抜））
生物種によってシーケンス量が変わるため、詳細はお問い合わせください。
リーフレットへのリンク (DNAseqリーフレット)
＊ RNA 抽出は別途費用が発生します。
＊シーケンスのみの価格です。比較解析費用は、別途発生いたします。
マイクロアレイ受託解析
マイクロアレイ実験の計画からデータ解析（データマイニングサポート）までを一貫してサポートいたします。（# 価格表）
- 発現解析 (Affymetrix, Agilent Technologies, Illumina)
- miRNA解析 (Agilent Technologies, Affymetrix)
マイクロアレイ実験
Affymetrix®、Agilent Technologies、Illumina®の各社の遺伝子発現解析用マイクロアレイを選択していただけます。miRNA, arrayCGH, カスタムアレイ等のアプリケーションにも対応可能です。RNAサンプルの抽出精製等の実験サポートのご相談にも応じます。
データマイニング
膨大なマイクロアレイデータから、実験の目的に合わせた解析を様々なbioinformatics的手法を用いて行ないます。
データの前処理
画像データの数値化、及び実験間で比較できるよう、数値データのフィルタリング、補正、正規化を行ないます。
各種統計学的手法を用いた発現変動遺伝子群の抽出、分類、データの性質に応じて、各種統計学的手法を用いて発現変動遺伝子群の抽出を行ないます。また、階層的クラスタリング、K-means、主成分分析法などを用いて発現プロファイルに基づいた遺伝子群の分類を行ないます。
遺伝子群の生物学的特徴付け
発現変動遺伝子群、発現プロファイルに基づいて分類された遺伝子群が有意に特定の生物学的機能（Gene Ontology）を含んでいるか、または特定のパスウェイ上に存在するかを判定し、生物学的特徴付けを行ないます。パスウェイなど視覚化できる結果は図付きで報告します。
これら以外にもお客様のご要望に応じ、種々のバイオインフォマティクス解析（オーソログ対応、転写配列解析、SNP解析、既知薬剤標的遺伝子、リガンド-受容体の抽出等）を請け負います。
遺伝子ネットワーク解析
発現変動解析では明らかにされない遺伝子—遺伝子間の制御（因果）関係を表した遺伝子ネットワークの構築、及びその解析を行ないます。遺伝子ネットワークはsiRNA KD、化合物投与等の経時的マイクロアレイデータを基にベイジアンネットワークとノンパラメットリック回帰により構築します*。構築された遺伝子ネットワークからより病態等の”原因”に近い遺伝子の同定や、化合物の作用機序に関する解析結果を報告します。当社の遺伝子ネットワークは、完全にdata drivenで細胞特異的な新規の遺伝子制御関係が推定できます。
*参考文献: Computational strategy for discovering druggable gene networks from genome-wide RNA expression profiles. Imoto S, Tamada Y, Araki H, Yasuda K, Print CG, Charnock-Jones SD, Sanders D, Savoie CJ, Tashiro K, Kuhara S, Miyano S. Pac Symp Biocomput. 2006:559-7
お知らせ
- シンルグセル解析の無料相談九州大学 コラボ・ステーションの1階ラウンジにて、不定期に、シングルセル解析の無料相談を受け付けています。 S…
- Publications の更新（2024年）共著論文 Supported Works
- 価格表（2024年7月）現在の価格は下記よりご覧頂けます。 価格表 データ解析のみのご依頼も受け付けています。ご相談ください。
- 価格表（2024年6月）現在の価格は下記よりご覧頂けます。 価格表 データ解析のみのご依頼も受け付けています。ご相談ください。
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