遺伝子ネットワークデータベース (GNDB) を公開 2013 年 3 月 14 日

セルイノベーターで開発した遺伝子ネットワークデータベース (Gene Networks Database: GNDB) を公開中です。第35回日本分子生物学会年会において、ポスター発表を行ったものです。

Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) で公開されているほぼ1000サンプルのマイクロアレイデータのうち、400サンプルのデータを用いて推定した遺伝子ネットワークをデータベース化しています。遺伝子ネットワークは、Angiogenesis などの各キーワードごとに分かれており、それぞれの遺伝子ネットワークの中で影響力の強いと思われる遺伝子(ツリーの上部に表示される)を見ることができます。

  • 本研究は、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターのスーパーコンピュータを利用しました (http://sc.hgc.jp/shirokane.html)。

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